Подать заявление о выплате неустойке вы имели полное право, и суд неправомерно отказал вам в выплате. Судебная практика по семейным спорам и некоторые разъяснения Верховного суда иногда игнорируются судьями, поэтому смело подавайте апелляционную жалобу на решение вашего суда в вышестоящий. Дело в том, что на семейные отношения (а алименты и неустойка по ним относятся именно к этим отношениям) исковая давность не распространяется и если существует факт нарушения ваших прав — вы можете подать в суд в любой момент. Некоторые суды в таких случаях применяют положения Гражданского Кодекса, что в корне неверно. Но в любом случае суд будет обращать внимание на правильность ваших расчетов, а также на то, насколько вы выполнили норму закона и не затягивали ли вы специально это дело.