Фактически Вы являетесь собственником квартиры, принятие наследства Вы подтвердили действием, и, судя из описания ситуации, не подписывали у нотариуса никакого отказа от вступления в права наследования. Нотариус уже не может помочь Вам, так как был пропущен полугодовой срок после смерти собственника. Теперь придется подать в суд исковое заявление на право наследования. А на основании решения суда, которое заменит свидетельство о праве на наследство, Вы сможете зарегистрировать переход права собственности на часть квартиры, принадлежащей ранее Вашей матери.