Нотариус прав. Любые неточности в документах не позволяют оформлять свидетельство, а узаконить необходимые изменения и решить вопрос может только суд. Вам следует готовить исковое заявление о включении недвижимого имущества в наследственную массу, предварительно изучив все претензии нотариуса к оформлению и фактическим данным. Вы не уточнили, был ли в итоге участок оформлен в собственность отцом, а это имеет значение. Если он не успел этого сделать, то взять на себя все процедуры придется вам. Это касается и межевания земли, и обращения к местной власти по поводу уточнения назначения участка.