Исковое заявление о выделе доли в квартире поможет урегулировать проблему. Дело в том, что обладатели долей в имуществе являются обладателями равных долей и поэтому могут претендовать на определение доли в натуре. Единственным условием является соразмерность вашей доли площади помещений, на которые вы хотите предъявить свои имущественные права. Условие изоляции помещений у вас обеспечено, хотя из вашего описания не совсем понятно имеется ли проектная документация на перепланировку, или она проведена без согласования. Если имеет место второй вариант, то дополнительно потребуется узаконивание перепланировки.